Multiomics исследование, раскрывающее характеристики ВИЧ-1-инфицированных клеток in vivo

Мультиомное исследование, выявляющее характеристики ВИЧ-1-инфицированных клеток in vivo
Используя образцы, полученные при ВИЧ1-GFP-инфекции, на модели гуманизированных мышей был выполнен ряд анализов омики. Кредит: Сато Кей

Для ликвидации инфекции ВИЧ-1 важно выяснить подробности и гетерогенность клеток, инфицированных ВИЧ-1, in vivo. В этом исследовании модель гуманизированных мышей с трансплантированными гематопоэтическими стволовыми клетками, инфицированная геном-модифицированным ВИЧ-1, была использована для выявления множества характеристик клеток, продуцирующих ВИЧ-1, in vivo.

Исследовательская группа в Институте медицинских наук Токийского университета (IMSUT), использующая клетки, инфицированные ВИЧ-1, провела анализ «multiomics», который является технологиями, недавно разработанными для всестороннего исследования особенностей биологических образцов.

«Наши результаты описывают множество характеристик клеток, продуцирующих ВИЧ-1 in vivo, которые могут дать подсказки для развития лечения ВИЧ-1», — сказал ведущий ученый Кей Сато, доцент (главный исследователь) в Отдел системной вирусологии, отдел инфекционного контроля болезней, IMSUT. Результаты этого исследования были опубликованы в Cell Reports 14 июля 2020 года.

Исследование по «лечению ВИЧ-1»

Для ликвидации инфекции ВИЧ-1 важно получить глубокое понимание широких характеристик ВИЧ-1-инфицированных клеток in vivo.

Недавно разработанный «омический» анализ может стать мощным инструментом для определения характеристик ВИЧ-1-инфицированных клеток. Однако следует отметить, что подавляющее большинство CD4 + T-клеток у инфицированных индивидуумов неинфицировано, и, следовательно, транскрипционные профили «объемных» CD4 + T-клеток in vivo не отражают профили «чистых» ВИЧ-1-продуцирующих клеток. .

Мультиомный анализ для всестороннего выявления особенностей ВИЧ-1-инфицированных клеток in vivo

В этом исследовании исследовательская группа использовала модель гуманизированной мыши с трансплантированными гематопоэтическими стволовыми клетками человека, которая поддерживает лейкопоэз человека при относительно стабильных иммунологических условиях in vivo, и репортер-компетентный репортер ВИЧ-1, и использовала четыре недавно разработанных метода для исследования вирусная геномика и транскриптомика.

По данным исследовательской группы, это исследование состояло из четырех следующих анализов:

Во-первых, капельная цифровая ПЦР выявила наличие потенциальных резервуаров у инфицированных гуманизированных мышей. Во-вторых, ПЦР, опосредованная лигированием, показала, что ВИЧ-1 предпочитает интегрироваться в открытые области хроматина, что подтверждается ассоциацией эпигенетических модификаций сайтов интеграции с продукцией вируса. В-третьих, цифровое РНК-секвенирование количественно определяло абсолютное количество копий вирусных транскриптов в клетках, продуцирующих ВИЧ-1, in vivo и дополнительно идентифицировало дифференциально экспрессируемые гены между инфицированными вирусом и неинфицированными клетками. Наконец, секвенирование одноклеточной РНК выявило и охарактеризовало гетерогенность клеток, продуцирующих ВИЧ-1, in vivo.

Доцент Сато подчеркнул, что «насколько нам известно, это исследование является первым исследованием, описывающим множественные аспекты клеток, продуцирующих ВИЧ-1, а также первым комплексным исследованием характеристик клеток, инфицированных ВИЧ-1, in vivo»./р>

Spread the love